Il monastero di Sant'Anna è ubicato all'interno della Rocca Baglioni, fortificazione quattrocentesca situata fra l'odierna piazza Umberto I e via della Rocca, proprio nel centro storico di Bastia Umbra. La fondazione del monastero di Sant'Anna va ascritta ai primi anni del XVII secolo, allorché papa Clemente VIII concesse alle monache Benedettine di San Paolo delle Abbadesse di spostarsi da Assisi a Bastia Umbra.